AES ledes af en bestyrelse og en direktør. Bestyrelsen er sammensat af arbejdsmarkedets parter og består af en formand og ti repræsentanter for arbejdsmarkedets parter.
AES' bestyrelse består af:
Bestyrelsesformand Cristina Lage
Jens Skovgaard Lauritsen (Chefkonsulent, DA)
Anders Just Pedersen (Arbejdsmiljøchef, DI)
Mette Møller Nielsen (Arbejdsmiljøchef, Dansk Byggeri)
Morten Skov Christiansen (Næstformand, LO)
Ulla Sørensen (Hovedkasser, 3F)
Jens Nielsen (Forbundssekretær, FOA)
Klaus Matthiesen (Overenskomstchef, FTF)
Juliane Neiiendam (Formand for Ansattes Råd i IDA, Akademikerne)
Jesper Schaumburg-Müller (Kontorchef, Moderniseringsstyrelsen)
Preben Meier Pedersen (Chefkonsulent, KL)